秋田正丧心病狂地给沈冰连打毒针逼沈冰说出高飞的弱点，沈冰宁死不说，秋田却才意识到高飞的弱点正是沈冰。高飞和金小班等人在德宏旅社搜查秋田的踪迹，抓到秋田的手下带回警局。高飞根据秋田手下的鞋底和表情分析出秋田在惠丰粮仓，但来到粮仓却发现空无一人。秋田设下圈套约高飞孤身前往燕子坞，并通知沈燕茹派兵协助他们抓捕高飞。
高飞来到燕子坞，按照秋田的指示蒙头骑马被带到他们的据点。而此时金小班和贺敏正急速赶往燕子坞寻找高飞。高飞略施小计将秋田等人打倒在地，准备带着沈冰离开时，却被沈燕茹带来的队伍包围了，危急时刻，龙九赶来清理门户，将沈燕茹等人赶跑，高飞和沈冰终于得救。
沈冰已脱离了军统，答应跟高飞在一起，永不分开，这对纠结的虐恋情人终于和好如初。而卢定军收到麻泗水的消息，推断高飞很可能跟共党有关系，而那批珠宝很可能会出现在黑市交易里。麻泗水逼黑市的赖八爷供出了倒卖珠宝的实情，并带队逼死了三娘，逮捕白少楼进行严刑逼问关于地向党人的情报。
少洪波请求卢定军审问白少楼遭拒绝，而麻泗水见逼供无效便故意将白少楼押送青山监狱，并散播押送路线，引共党上钩。地下党员们全力营救白少楼，却不料被事先埋伏好的官兵伏击。白少楼被送到青山监狱，麻泗水借机使用离间计令白少楼供出了少洪波是共党，并且珠宝已被运出龙城的重要情报。
特工003第29集剧情介绍卢定军将白少楼杀死以蒙蔽共党他已得到情报的事实。随后，他逼秋田交出手中的钥匙想要将其杀之，却得知只有得到两把钥匙才能打开地下军火库，而只有秋田知道打开军火库的方法，于是卢定军不得不答应秋田护送其出城。
少洪波意识到白少楼已经招供，于是他一方面通知高飞等人去火车上抓捕秋田真吉，另一方面做好了为党捐躯的准备。沈冰收到铁面人的指示，令其拿到钥匙后杀掉高飞，并以沈冰女儿的性命做要挟，面对这两难的抉择，沈冰痛不欲生。
高飞和沈冰等人混进火车上抓秋田真吉，却不料中了卢定军的圈套。卢定军逼高飞交出钥匙，并以封格格的性命要挟。危急时刻，高飞打死了秋田真吉并告知钥匙在封格格身上，并且她知道怎样打开军火库。于是卢定军挟持封格格去了顺请王府碑林——地下军火库。
与此同时，高飞和沈冰等人、地下党员们、麻泗水挟持着少洪波纷纷前往顺清王府碑林，一场决战就此拉开序幕。
狡猾的卢定军以少洪波的性命做要挟，逼封格格帮他打开了地下军火库的大门。不料，刚走进地下密道，卢定军就杀了麻泗水，因为他早就知道了麻泗水的甲先生身份。封格格被逼着带卢定军一步步地走近军火库。此时，高飞在顺清王府外正带着地下党人们与官兵们交战，拼力营救她。
封格格趁机逃跑，少洪波被杀，卢定军等人困在机关里。幸得顾明找到了生门，卢定军和沈燕茹才得以逃出机关。而此时，被卢定军射杀的麻泗水突然睁开了眼睛。
特工003第30集剧情介绍(大结局)卢定军、沈燕茹和顾明三人终于找到了军火库的大门。卢定军打开大门，发现军火库的大批细菌武器和金银珠宝，大喜过望。他命顾明将这些东西装载到运输车上，而顾明却利用这个机会偷偷在车上安装了定时炸弹，企图释放病毒。
麻泗水赶到据点指挥着军统特工们开始行动。卢定军发现了顾明的真实身份，将其一枪毙命，准备离开之际才发现顾明在两辆车上都装了炸弹。此时，麻泗水带着军统特工们和高飞等人齐齐包围卢定军等人，并对其开火射杀，不料，卢定军以炸药逼迫开车逃走。军统和共党双方试图抢夺卢定军留下的病毒和珠宝，却得知车上都被装了定时炸弹。军统发现拆弹不成，带队撤离。炸弹很快会引爆运输车，为了龙车百姓的安慰，老宋和贺敏驾车离开，金小班急忙跳上了贺敏的车。
卢定军带着珠宝和沈燕茹坐上了逃亡的火车，却不料高飞和沈冰追来。双方展开了生死之战，一番殊死搏斗后，沈燕茹被沈冰杀死，卢定军被高飞打倒。此时，金小班成功将运输车开到郊外引爆，危机化解，贺敏得救，老宋壮烈牺牲。
高飞回到车厢内准备带沈冰离开，却不料此时火车开到了断崖，而沈冰被卢定军用手铐铐住，无法逃脱，危难之际，沈冰将高飞甩下火车，并嘱托高飞一定要救他们的孩子。火车冲下了断崖，高飞摊倒在地。
金小班抓了麻泗水逼他供出了高飞女儿的所在，高飞孤身前往救出了女儿高小飞，临出门之际，他们突然遭遇袭击，一个形似沈冰的女人救了他们一命，高飞告诉女儿她妈妈回来了。
此时，贺光辉收到了一份电报，上级祝贺特工003与他们顺利合作完成任务。
